A Contabilidade Acadêmica que foi criada em 2002 com o objetivo de fazer a arrecadação e cobrança geral de todos os contratos e convênios firmados entra a FIMES e seus parceiros é um departamento responsável por todos os recebimentos.  Acadêmicos, controle de pagamentos dos parceiros da FIMES, cuida dos convênios da FIMES com a OVG, FTC, FIES, INSTITUTO EDUCAR e Bolsa da Prefeitura, controla a vida financeira dos acadêmicos em geral, dos cursos de graduação, pós-graduação e tecnológicos.